Der Starnberger See ist mit einer Seefläche von 54,5 qkm Bayerns zweitgrößter See, hat aber mit seiner Tiefe von bis zu 128 m (mittlere Tiefe 57 m) mit 3,0 Mio Kubikmetern das größte Wasservolumen aller bayerischen Seen.

Damit hat er ein sehr großes Wärmespeichervermögen. Es gibt kaum oberflächliche Zuflüsse und sein Wasservorrat wird hauptsächlich durch Regen gespeist. Es fehlt ihm zugleich der Zufluss spätherbstlichen Schnee-Schmelz­wassers, das seinen Wärmevorrat „verdünnen“ würde. Unter Bayerns Seen ist er damit derjenige, der am seltensten zufriert – nur alle zehn Jahre im Durchschnitt. Weil mit den fehlenden Zuflüssen auch kein Geschiebe und Schwebeteilchen eingeschwemmt werden, ist die Sichttiefe mit bis zu 14 Metern ungewöhnlich groß – klares Wasser ist von Vorteil für die Fische jagenden See- und Lappentaucher. Da er keinem Eintrag von außen, etwa durch Düngemittelrückstände aus der Landwirtschaft ausgesetzt ist, ist seine Wasserqualität hervorragend, sie erreicht nahezu die Stufe eines oligotrophen, also nährstoffarmen Gewässers, Bade- und Trinkwasserqualität hat er ohnedies. Dies wiederum fördert  das Wachstum von Armleuchteralgen (Characeen), die auf nährstoffarmes, kalkhaltiges Wasser angewiesen sind. Diese Characeen gehören zur bevorzugten Nahrung etwa der Kol­ben­ente Die gute Wasserqualität hat auch eine reichhaltige Fischfauna zur Folge.  Es gibt 35 Berufsfischer am See, die das Gewässer nachhaltig bewirtschaften und die Bevölkerung mit hochqualitativen Speisefischen wie Renke, Seesaibling und Seeforelle versorgen.

Als klassischer Zungenbeckensee ist der Starnberger See ein Kind der Eiszeiten, deren Gletscher sein Becken aus­gehobelt, wieder verfüllt und zuletzt, in der Würmeiszeit, wieder ausgeräumt haben. Sein Ausfluss, die Würm, gab dieser Eiszeit, die vor etwa 15.000 Jahren zu Ende gegangen ist, ihren Namen.

Nach ihrem Kräfte zehrenden Zug aus Nord- und Osteuropa in ihr Winterquartier müssen diese „Nomaden der Lüfte“ ihre Fettreserven wieder auffüllen, um den Winter zu überstehen und gerüstet zu sein für den Zug zurück in die Brutgebiete. Das bedeutet auch, dass sie ihre Energiereserven schonen, jedes unnötige Auffliegen, jede unnötige Flucht vermeiden müssen. Dabei reagieren sie in der für sie fremden Umgebung, von der hormonell gesteuerten Zug-Unruhe zusätzlich sensibilisiert, besonders empfindlich auf Störungen. Schon einzelne besonders „nervöse“ Tiere können in einem Mitreiß-Effekt einen ganzen Schwarm von vielen hunderten von Vögeln aus der Ruhe in die Luft scheuchen. Diese „Kaltstarts“ zehren viel mehr als ein ruhiger, langer Flug an den Fettreserven.

Schon ein einzelnes Boot – Motorboot, Kajak, Segelboot, Ruderboot -,  ein fauchender oder zu tief fahrender Heißluftballon, ein einzelner Windsurfer, Kiter, oder Stand-up-Paddler kann Massenfluchten auslösen. Die Tauchenten flüchten ins offene, tiefe Freiwasser, wo die Nahrung für sie unerreichbar ist, sie hungern dort. Nur wenige Arten können auch nachts, wenn sie wieder in die Flachwasserzonen zurückgekehrt sind, Nahrung aufspüren. Es ist leicht verständlich, dass insbesondere die Wasservogeljagd, auch vom Ufer aus praktiziert, schon durch den Büchsenknall einen ver­heerenden Vertreibungseffekt provoziert, egal, auf welche Art geschossen wurde. Das Bemühen der LBV-Kreisgruppe Starnberg konzentriert sich daher seit vielen Jahren darauf, Störungen zu minimieren.

Ein Bild von den Ketten von Wasservögeln, die entlang der Ufer ruhen, mag zeigen, weshalb die Ruderer gebeten werden, nicht ufernah, sondern möglichst weit ab vom Ufer ihren Sport auszuüben. Auf dem Foto kann man im Hintergrund einen vorbeifahrenden Achter kennen, der die Vögel nicht stört.

Erheblichen und jahrelang anhaltenden Widerstand dagegen gab (und gibt) es bei den „See-Jägern“, die zunächst nur die Wasservogeljagd vom Boot aus einstellten. Inzwischen wurden einige Jagdruhezonen in die Jagdpachtverträge aufge­nommen, die eigentlich gebotene und zumutbare vollständige Einstellung der Wasservogeljagd in diesem Vogelschutz­gebiet von internationalem Rang konnte jedoch noch immer nicht erreicht werden.

Anhaltend sind Störungen, die von nicht oder nur wenig organisierten Freizeit-See-Nutzern ausgehen: Starkwindsurfer, Kite-Surfer, Kajakfahrer, neuerdings Stand-Up-Paddler, auch Mietbootfahrer sind für freiwillige Selbstbeschränkungen schwer erreichbar. Das Landratsamt Starnberg hat deshalb 2006, im Anschluss an die Verabschiedung des Gewässerentwicklungskonzepts, eine Karte mit notwendigen Ruhezonen – ganzjährige und saisonale – herausgegeben (nicht nur für Wasservögel, sondern auch für Fischschonbezirke). Diese müssen flächendeckend eingehalten werden, da schon einzelne Befahrungen innerhalb der Ruhezonen große Vogelansammlungen aufschrecken. Allerdings ist auch die – bisher ausstehende – Beschilderung vor Ort unerlässlich, damit sich die Wassersportler orientieren können. Seit 2019 wird seitens des LBV Starnberg und der Gebietsbetreuung Starnberger See versucht, durch Gespräche mit den Wassersportlern die notwendige Rücksichtnahme zu erreichen.

Es bleibt für den LBV Starnberg und die Gebietsbetreuung Starnberger See eine Daueraufgabe, immer wieder auf die internationale Bedeutung dieses Sees hin­zu­weisen und durch Aufklärung die notwendige Rücksichtnahme zu erreichen oder zu erhalten und, wo unumgänglich, auch hoheitliche Maßnahmen und deren Umsetzung anzumahnen.