Kalksinter kann sich in kalkhaltigen Gewässern, vor allem an Quellaustritten, bilden. Der Vorgang beruht darauf, dass Kalk in seiner wasserlöslichen
Form (Kalziumhydrogenkarbonat, früher auch Kalziumbikarbonat genannt) pro Kalzium-Einheit doppelt so viel CO2 bindet wie fester Kalk. Entweicht CO2 durch Verdunstung in die Luft oder wird es von
Moosen,Algen oder auch Bakterien zur Ernährung aufgenommen, verwandelt sich der im Wasser gelöste Kalk in den (fast) unlöslichen Kalkstein (Kalziumkarbonat), der dann ausfällt und Krusten
bildet.
Auch in kalkhaltigen Tümpeln oder Seen kann diese Reaktion stattfinden. Der Kalkstein lagert sich dann als Seeton ab oder es bilden sich feine Krusten
an Wasserpflanzen.