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Die Seefläche ist gemeindefreies Gebiet, zuständig ist das Landratsamt Starnberg; hinzu kommen vier landseitige, eng an den See angeschlossene Gebietsteile: Bei Allmannshausen-Ammerland und St. Heinrich (Lkr. TÖL-WOR), bei Seeshaupt-Seeseiten-Bernried (Lkr. WM-SOG) und im NSG Karpfenwinkel (Lkr. WM-SOG und Lkr. STA).
Die Gesamtfläche des FFH-Gebiets beträgt ca. 5.725 ha, davon 5.636 ha Seefläche (98,5%) und 89 ha an Land.
Charakteristik:
„Großflächiger mesotropher Voralpensee in Jungmoränenlandschaft mit ausgedehnten Niedermoorzonen, wasserreichstes Gewässer Bayerns (zweitgrößter See). (aus der FFH-Meldeliste des BfN von 2013)
Der Starnberger See ist darüber hinaus auch als „Europäisches Vogelschutzgebiet SPA“ ausgewiesen und auch in dieser Hinsicht Bestandteil des NATURA 2000-Netzes. Auf diese besondere Bedeutung des Starnberger Sees insbesondere als Rast- und Überwinterungsgebiet für Wasservögel wird in eigenen Beiträgen eingegangen.
„Die enge Verzahnung des Sees und seiner natürlichen Kiesufer mit Sickerfluren, Schneidried-Sümpfen, kalkreichen Niedermooren, artenreichen Pfeifengraswiesen sowie naturnahen Weichholzauwäldern ist ein Juwel im europäischen Biotopnetz NATURA 200 im bayerischen Alpenvorland“. (aus dem Managementplan 2013)
Hervorzuheben ist darüber hinaus im See selbst, dass er als Lebensraumtyp als „mäßig nährstoffreiches kalkreiches Stillgewässer mit Armleuchteralgen“ „der größte solchermaßen charakterisierte See Deutschlands ist, mit natürlichen Kiesufern und Lavendelweiden“. Mairenke (Chalclaburnus chalcoides) (nicht zu verwechseln mit der Renke (Coregonus)) und Koppe (auch Groppe, Cottas gobio)) gehören wie die Armleuchteralgen zu den besonderen wertgebenden Arten im See. Auch die Landflächen bergen ein Fülle seltener Arten: Kiesige Wellenschlagufer mit Bodenseevergissmeinnicht (Myosotis rehsteineri), der Bauchigen und der Schmalen Windelschnecke (Vertigo moulinsiana und V. angustior) und, in den kalkreichen Niedermooren, Schneidried-Sümpfen und Streuwiesen Orchideen wie Sumpf-Glanzkraut (Liparis loeseli) und Sommer-Drehwurz (Spiranthes aestivalis) (Orchidee des Jahres 2016), dazu Tierarten wie der Skabiosen-Scheckenfalter (Euphydryas aurinia) und der Wiesenknopf-Ameisenbläuling (Glaucopsyche teleius), allesamt auch Arten der Roten Listen.
Zu den Erhaltungsmaßnahmen als FFH-Gebiet zählt vor allem der „Erhalt des natürlichen Nährstoff- und Mineralstoffhaushalts des Sees“ wie auch der „Kalkreichen Niedermoore“.
Der Managementplan für das FFH-Gebiet liegt seit 2013 vor.
Für den Starnberger See als Europäisches Vogelschutzgebiet (SPA) muss noch ein eigener Managementplan erstellt werden.
Der LBV Starnberg pflegt seit Jahrzehnten erfolgreich den Wuchsort des „Bodensee-Vergissmeinnichts, einer große Rarität der bayerischen Flora“. Diese Eiszeit-Reliktart ist auf ein von Hangwasser durchströmtes, gehölzarmes, dem Wellenschlag ausgesetztes Kiesufer angewiesen.
Die als „Landschaftsbestandteil Vogelschutzgebiet Bucht von St. Heinrich“ vor Befahren und Betreten geschützte Bucht wird landseitig von Streuwiesen, Röhrichtzonen und Bruchwald abgeschirmt. Dort betreut der LBV ein Brutfloss für die Flussseeschwalbe.