„Die enge Verzahnung des Sees und seiner natürlichen Kiesufer mit Sickerfluren, Schneidried-Sümp­fen, kalkreichen Niedermooren, artenreichen Pfeifengraswiesen sowie naturnahen Weich­holz­au­wäldern ist ein Juwel im europäischen Biotopnetz NATURA 200 im bayerischen Alpenvorland“. (aus dem Managementplan 2013)

Hervorzuheben ist darüber hinaus im See selbst, dass er als Lebensraumtyp als „mäßig nährstoff­reiches kalkreiches Still­gewässer mit Armleuchteralgen“ „der größte solchermaßen charakterisierte See Deutsch­lands ist, mit natürlichen Kiesufern und Lavendelweiden“. Mairenke (Chalclaburnus chalcoides) (nicht zu verwechseln mit der Renke (Coregonus)) und Koppe (auch Groppe, Cottas gobio)) gehören wie die Arm­leuchter­algen zu den besonderen wertgebenden Arten im See. Auch die Landflächen bergen ein Fülle seltener Arten: Kiesige Wel­len­schlag­ufer mit Boden­see­ver­giss­mein­nicht (Myosotis rehsteineri), der Bauchigen und der Schmalen Windelschnecke (Vertigo moulinsiana und V. angustior) und, in den kalk­reichen Niedermooren, Schneidried-Sümpfen und Streu­wiesen Orchideen wie Sumpf­-Glanzkraut (Liparis loeseli) und Sommer-Drehwurz (Spiranthes aestivalis) (Orchidee des Jahres 2016), dazu Tierarten wie der Skabiosen-Schecken­falter (Euphydryas aurinia) und der Wiesen­knopf-Ameisenbläuling (Glaucopsyche teleius), allesamt auch Arten der Roten Listen.

Zu den Erhaltungsmaßnahmen als FFH-Gebiet zählt vor allem der „Erhalt des natürlichen Nährstoff- und Mineral­stoff­haushalts des Sees“ wie auch der „Kalkreichen Niedermoore“.

Der Managementplan für das FFH-Gebiet liegt seit 2013 vor.

Für den Starnberger See als Europäisches Vogel­schutz­gebiet (SPA) muss noch ein eigener Manage­ment­plan erstellt werden.