„Die enge Verzahnung des Sees und seiner natürlichen Kiesufer mit Sickerfluren, Schneidried-Sümpfen, kalkreichen Niedermooren, artenreichen Pfeifengraswiesen sowie naturnahen
Weichholzauwäldern ist ein Juwel im europäischen Biotopnetz NATURA 200 im bayerischen Alpenvorland“. (aus dem Managementplan 2013)
Hervorzuheben ist darüber hinaus im See selbst, dass er als Lebensraumtyp als „mäßig nährstoffreiches kalkreiches Stillgewässer mit Armleuchteralgen“ „der
größte solchermaßen charakterisierte See Deutschlands ist, mit natürlichen Kiesufern und Lavendelweiden“. Mairenke (Chalclaburnus chalcoides) (nicht zu verwechseln mit der Renke
(Coregonus)) und Koppe (auch Groppe, Cottas gobio)) gehören wie die Armleuchteralgen zu den besonderen wertgebenden Arten im See. Auch die Landflächen bergen ein Fülle
seltener Arten: Kiesige Wellenschlagufer mit Bodenseevergissmeinnicht (Myosotis rehsteineri), der Bauchigen und der Schmalen Windelschnecke (Vertigo
moulinsiana und V. angustior) und, in den kalkreichen Niedermooren, Schneidried-Sümpfen und Streuwiesen Orchideen wie Sumpf-Glanzkraut (Liparis loeseli) und
Sommer-Drehwurz (Spiranthes aestivalis) (Orchidee des Jahres 2016), dazu Tierarten wie der Skabiosen-Scheckenfalter (Euphydryas aurinia) und der Wiesenknopf-Ameisenbläuling
(Glaucopsyche teleius), allesamt auch Arten der Roten Listen.
Zu den Erhaltungsmaßnahmen als FFH-Gebiet zählt vor allem der „Erhalt des natürlichen Nährstoff- und Mineralstoffhaushalts des Sees“ wie auch der „Kalkreichen Niedermoore“.
Der Managementplan für das FFH-Gebiet liegt seit 2013 vor.
Für den Starnberger See als Europäisches Vogelschutzgebiet (SPA) muss noch ein eigener Managementplan erstellt werden.