Neben
dem Monitoring häufiger Brutvögel gibt es noch das Monitoring seltener Brutvögel (MsB) mit einigen Modulen, die in Bayern bereits im Einsatz sind (z.B. das Spechtmodul oder das
Saatkrähenmodul). (Anmerkung: Bei der ASO werden die meisten dieser Module bereits verwendet).
Über die wirklich seltenen Arten wie zum Beispiel Wiedehopf oder Ziegenmelker weiß man im Allgemeinen recht gut Bescheid. Diese Daten sind bei den Ornis bekannt, sog. „eh-da Daten“, also Daten,
die eh schon da sind. Diese Daten werden von der Arbeitsgemeinschaft seltene Brutvögel in Bayern (AGSB) jährlich dokumentiert. Mit den Daten des MhB, der ABSB sowie den etablierten Modulen des
MsB sind (Stand heute) ca. 55% der Brutvogelarten Bayerns abgedeckt.
Für alle weiteren Arten sind Erweiterungen der MsB-Module geplant. Eine besondere Herausforderung sind die Alpenvögel, wo auf Grund der Schneelage, des Anfahrtswegs und der Begehbarkeit des
Geländes spezielle Methoden notwendig sind. Über die Herausforderungen bei der Kartierung in den Bergen konnte Thomas Rödl aus eigener Erfahrung sehr anschaulich berichten. Für Greifvögel und
Eulen sind in nächster Zeit noch Erfassungsprogramme geplant, ebenso wird es neue Module für Binnengewässer, Röhrichtbrüter, Wiesenlimikolen, etc. geben. In manchen Bundesländern sind diese
Module schon eingeführt, in Bayern steht die Einführung vor der Tür. Mit all diesen Modulen kann man 99% der Brutvogelarten Bayerns abgedeckt, für einige wenige Arten wie Waldschnepfe oder
Halsbandschnäpper müssen noch spezielle Lösungen gefunden werden.