Der Gänsesäger wird in weiten Teilen des nördlichen Eurasiens und Nordamerikas in drei Unterarten angetroffen.
Bei uns ist er sowohl Brutvogel als auch Überwinterungsgast anzutreffen. Er brütet an Flüssen, Seen und sogar in besiedelten Gebieten, einzige Voraussetzung ist, dass eine geeignete Bruthöhle
oder Brutnische vorhanden ist.
Ringfunde haben gezeigt, dass Gänsesägerweibchen sehr brutarealtreu sind, die Männchen hingegen jährlich Partnerin und somit Brutareal wechseln können. Dies ist besonders interessant, da es in
Mitteleuropa zwei – genetisch unterschiedliche - Gänsesägerpopulationen mit deutlich getrennten Brutarealen gibt: eine am Nordrand der Alpen (ca. 2000 BP), zu der auch die Population an den
oberbayerischen Gewässern zählt und eine zweite nördliche, deren Habitat sich über die Nord- und Ostsee bis in den Norden Skandinaviens erstreckt. Die nördliche Population zieht im Winter in
mildere Gefilde und trifft dort auf die „Alpensäger“. Die standorttreuen Weibchen bringen nach der Verpaarung im Winterquartier neue, skandinavische Männchen mit in ihr Brutareal und sorgen so
für den nötigen Genaustausch.